کارمزد سبدگردانی در شرکت‌های سبدگردان مانند هر سیستم پاداش‌ده مناسب دیگری شامل دو بخش «کارمزد ثابت» و «کارمزد متغیر» (کارمزد مبتنی بر عملکرد) است.

کارمزد ثابت، مطابق با دستورالعمل سازمان بورس و اوراق بهادار، برای مجموع سهام (یا در حالت کلی «اوراق با درآمد متغیر») موجود در سبد هر مشتری و نیز برای مجموع اوراق مشارکت (یا در حالت کلی «اوراق با درآمد ثابت») عددی ثابت است که در هنگام انعقاد قرارداد در خصوص آن با سرمایه‌گذار توافق حاصل می‌گردد. این کارمزد به‌صورت روزانه محاسبه شده و در مقاطع ۳ ماهه از مشتریان دریافت یا از مانده دارایی‌های آن‌ها نزد شرکت سبدگردان کسر می‌گردد. سبدگردان موظف است از محل این کارمزد، کلیه هزینه‌های فعالیت خود (از هزینه‌های حسابرس و امین تا هزینه‌های گردآوری و پردازش اطلاعات، نگهداری اسناد و فعالیت‌های کارشناسی) را پوشش دهد.

کارمزد متغیر حکم پاداش را برای طرفین دارد و تنها در صورتی از مشتری دریافت می‌گردد که بازدهی سبد اختصاصی وی در پایان قرارداد یا هنگام فسخ آن، بیش از مقدار تعیین‌شده در ابتدای قرارداد باشد. نرخ بازدهی مورد نظر و سهم مشتری و سبدگردان از مازاد بازده، با توجه به آورده مشتری در ابتدای قرارداد به‌صورت توافقی تعیین می‌شود. سهم عمده از مازاد بازده ایجادشده متعلق به مشتری است و سبدگردان تنها بخش کوچکی از آن را به‌عنوان پاداش عملکرد مطلوب خود محاسبه می‌کند؛ این امر انگیزه سبدگردان را برای کسب بازده بیشتر افزایش می‌دهد. قراردادها عموماً یک‌ساله منعقد می‌شوند و به‌خواست مشتریان قابل تمدید هستند.

برای محاسبه بازدهی هر سبد اختصاصی از رابطه زیر استفاده می‌شود:

• MWRR_it = بازدهی سبد اختصاصی iاُم در دوره t
• E_it = ارزش سبد اختصاصی iاُم در پایان دوره t
• B_it = ارزش سبد اختصاصی iاُم در ابتدای دوره t
• C_ij = جریان نقدی jاُم سبد اختصاصی iاُم در دوره t (افزایش سرمایهٔ سرمایه‌گذار طی دوره به‌عنوان جریان نقدی ورودی با علامت مثبت و برداشت وی به‌عنوان جریان نقدی خروجی با علامت منفی)
• t_ij = زمان باقیمانده (به روز) از تاریخ وقوع جریان jاُم تا پایان دوره t
• T_it = طول کل دوره زمانی مورد نظر t (به روز)